مجوز برگزاری دومین کنگره بین المللی جندی شاپور از بیست و نهمین نشست هیات امنای منطقه جنوب غرب در تاریخ 28/11/96 کسب شد.
اولین جلسه شورای سیاست‌گزاری دومین كنگره جندی‌شاپور در دفتر وزیر محترم وقت علوم، تحقیقات و فناوری جناب آقای دکتر غلامی و با حضور دیگر اعضاء حقیقی و حقوقی شورای سیاست گزاری دومین کنگره  بین المللی جندی‌شاپور در تاریخ 06 مرداد ۱۳۹7برگزار شد.
- مقرر گردید سه کمیته علمی، میراث و اجرایی در این کنگره جهت تحقق اهداف کنگره گام بردارند.
- مقرر گردید جناب آقای دکتر محمدرضا عصاری به عنوان دبیر کنگره تعیین شوند.
این کنگره با "هدف نقش و تاثیر دانشگاه جندی شاپور باستان در شکل گیری و توسعه مراکز علمی جهان"در جهت باز شناساندن این میراث ملموس و ناملموس به جهانیان در 6 محور به عنوان سر فصل و 19 زیر مجموعه اقدام به دریافت مقاله از متخصصین ملی و بین المللی به صورت مقاله سفارشی نماید، محورها به شرح زیر می باشند:
1) بررسي تاريخي و جغرافيايي جندی‌شاپور
1-1- جغرافياي تاريخي و طبيعي جندی‌شاپور
1-2- پيشينه تاريخي شهر جندی‌شاپور و چگونگي تأسيس دانشگاه و بيمارستان آن
1-3- سهم دانش پزشکی ایرانی، یونانی، هندی و سریانی در شکل‌گیری مكتب پزشكي جندی‌شاپور
1-4- جندی‌شاپور ازنظر تاریخ و جغرافیای تاریخ دوره اسلامی
1-5- پژوهش‌های بین‌المللی صورت گرفته درباره جندی‌شاپور، معرفی و بررسی
2) جندی‌شاپور در جايگاه يك مكتب پزشكي
2-1- ویژگی‌ها و نوآوری‌های مكتب پزشكي جندی‌شاپور و تأثير آن بر مكاتب پزشكي ديگر
2-2- دانشمندان و دانش‌آموختگان مكتب جندی‌شاپور  
2-3- منشأ و منابع آموزشي پزشكي در مكتب جندی‌شاپور
3) جندی‌شاپور در دوره اسلامی
3-1- دستاوردهاي مكتب پزشكي جندی‌شاپور در دوره اسلامی
3-2- سهم دانش پزشکی ایرانی، یونانی، هندی و سریانی در شکل‌گیری مكتب پزشكي جندی‌شاپور
3-3- دگرگونی‌های مكتب پزشكي جندی‌شاپور پس از ورود اسلام به ايران
4) جندی‌شاپور از منظر باستان‌شناسی
4-1- برنامه‌ریزی باستان‌شناسی محوطه جندی‌شاپور
4-2- تجارب موفق جهانی و ملی مرمت محوطه‌های تاریخی
4-3- احيا و صيانت از فضاي فيزيكي محوطه باستاني جندی‌شاپور
5) معماری و شهرسازی جندی‌شاپور
5-1- اصول و معیارهای احیای شهر جندی‌شاپور 
5-2- بررسی معماری و شهرسازی ایران و جهان در زمان رونق جندی‌شاپور
5-3- ویژگی‌های شهرسازی جندی‌شاپور 
6) بررسی تاریخ علمی جندی‌شاپور و تأثیرات آن در جهان 
6-1- جندی‌شاپور گره‌خورده در تاریخ آموزش عالی ایران
6-2- تاریخ علم در دانشگاه جندی‌شاپور
دانشگاه صنعتی جندی‌شاپور و مرکز پژوهشی جندی شاپور در 7 و 8 اسفند ماه سال 1397 دومین کنگره بین‌المللی جندی‌شاپور را با همکاری دبیرخانه شورای عالی انقلاب فرهنگی و وزارت علوم، تحقیقات و فناوری با حضور میهمانانی از 4 کشور به شرح زیر برگزار نمودند.
1- فرانسیس ریشار، فرانسه، ایران‌شناس مرکز تحقیقات ملی فرانسه و موزه لوور- 2- رشدی راشد، فرانسه، متخصص تاریخ علم، فلسفه، نهضت ترجمه و تاریخ مهندسی مرکز تحقیقات ملی فرانسه-3- آگوستین پلارد، فرانسه، کارشناس علمی سفارت فرانسه4- جین کریستوف بونته، فرانسه، رایزن علمی سفارت فرانسه-5- آموس برتولاچی، ایتالیا، ایران‌شناس- فلسفه اسلامی، هیئت‌علمی دانشگاه پیزا-6- پائولو دلائینی، ایتالیا، باستان‌شناس – جندی‌شاپور شناس، پژوهشگر پسادکترا دانشگاه بلونیا-7- برونو جنیتو، ایتالیا، باستان‌شناس- ایران‌شناس، هیئت‌علمی دانشگاه شرق‌شناسی ناپل-8- وارتان واسکانیان، ارمنستان، تاریخ‌دان – شرق‌شناس، هیئت‌علمی دانشگاه ایالتی ایروان-9- ماریا دوتسنکو، نمایند دبیر کل سازمان ملل متحد در ایران-10- سید زاور رحمان، هندوستان، هیئت‌علمی بنیاد ابن‌سینا دانشگاه اسلامی آلیگراه.

دستاوردهای دومین کنگره جندی شاپور تا کنون
1- علمی

2- بین المللی
عقد تفاهم نامه همکاری دانشگاه صنعتی جندی شاپور دزفول با دانشگاه ایالتی ایروان ر طی مراسم اختتامه کنگره.